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Text File  |  1995-03-04  |  5.6 KB  |  120 lines
  1. **********************************
  2. * EF-hand calcium-binding domain *
  3. **********************************
  4.  
  5. Many calcium-binding proteins belong to the same evolutionary family and share
  6. a type of calcium-binding  domain known as the EF-hand [1 to 4].  This type of
  7. domain consists of  a  twelve  residue  loop flanked on both side by  a twelve
  8. residue  alpha-helical  domain.   In  an  EF-hand  loop  the  calcium  ion  is
  9. octahedrally  coordinated.   The  six  residues involved in the binding are in
  10. positions 1, 3, 5, 7, 9 and 12;  these residues are denoted by X, Y, Z, -Y, -X
  11. and -Z.
  12.  
  13. We list below the proteins  which  are  known to contain EF-hand  regions. For
  14. each type of protein we have indicated between parenthesis the total number of
  15. EF-hand regions known or supposed to exist.   This  number  does  not  include
  16. regions which  clearly  have  lost  their  calcium-binding  properties, or the
  17. atypical low-affinity site (which spans thirteen residues) found in the S-100/
  18. ICaBP family of proteins [5].
  19.  
  20.  - Aequorin and Renilla luciferin binding protein (LBP) (Ca=3).
  21.  - Alpha actinin (Ca=2).
  22.  - Calbindin (Ca=4).
  23.  - Calcineurin B subunit (protein phosphatase 2B regulatory subunit) (Ca=4).
  24.  - Calcium-binding protein from Streptomyces erythraeus (Ca=3?).
  25.  - Calcium-binding protein from Schistosoma mansoni (Ca=2?).
  26.  - Calcium-binding  proteins  TCBP-23 and TCBP-25 from Tetrahymena thermophila
  27.    (Ca=4?).
  28.  - Calcium-dependent protein kinases (CDPK) from plants (Ca=4).
  29.  - Calcium vector protein from amphoxius (Ca=2).
  30.  - Calcyphosin (thyroid protein p24) (Ca=4?).
  31.  - Calmodulin (Ca=4, except in yeast where Ca=3).
  32.  - Calpain small and large chains (Ca=2).
  33.  - Calretinin (Ca=6).
  34.  - Calcyclin (prolactin receptor associated protein) (Ca=1).
  35.  - Caltractin from Chlamydomonas reinhardtii (Ca=4).
  36.  - Cell Division Control protein 31 (gene CDC31) from yeast (Ca=2?).
  37.  - Diacylglycerol kinase (EC 2.7.1.107) (DGK) (Ca=2).
  38.  - FAD-dependent   glycerol-3-phosphate   dehydrogenase   (EC  1.1.99.5)  from
  39.    mammals (Ca=1).
  40.  - Fimbrin (plastin) (Ca=2).
  41.  - Flagellar calcium-binding protein (1f8) from Trypanosoma cruzi (Ca=1 or 2).
  42.  - Intestinal calcium-binding protein (ICaBPs) (Ca=1).
  43.  - MIF related proteins 8 (MRP-8 or CFAG) and 14 (MRP-14) (Ca=1).
  44.  - Myosin regulatory light chains (Ca=1).
  45.  - Oncomodulin (Ca=2).
  46.  - Osteonectin  (basement  membrane  protein  BM-40) (SPARC) and proteins that
  47.    contains an 'osteonectin' domain (QR1, matrix glycoprotein SC1) (Ca=1).
  48.  - Parvalbumins alpha and beta (Ca=2).
  49.  - Placental  calcium-binding  protein  (18a2)  (nerve  growth  factor induced
  50.    protein 42a) (p9k) (Ca=1).
  51.  - Recoverins (visinin, hippocalcin, neurocalcin, S-modulin) (Ca=2 to 3).
  52.  - Reticulocalbin (Ca=4).
  53.  - S-100 protein, alpha and beta chains (Ca=1).
  54.  - Sarcoplasmic calcium-binding protein (SCPs) (Ca=2 to 3).
  55.  - Sea urchin proteins Spec 1 (Ca=4), Spec 2 (Ca=4?), Lps-1 (Ca=8).
  56.  - Sorcin V19 from hamster (Ca=2).
  57.  - Spectrin alpha chain (Ca=2).
  58.  - Squidulin (optic lobe calcium-binding protein) from squid (Ca=4).
  59.  - Troponins C; from  skeletal muscle (Ca=4), from cardiac muscle (Ca=3), from
  60.    arthropods and molluscs (Ca=2).
  61.  
  62. There has been a number of attempts [6,7] to develop patterns that pick-up EF-
  63. hand regions, but  these  studies were  made  a few years ago when not so many
  64. different families  of  calcium-binding  proteins  were  known.  We  therefore
  65. developed a new pattern which takes into account all published sequences. This
  66. pattern includes the complete EF-hand  loop as well as the first residue which
  67. follows the loop and which seem to always be hydrophobic.
  68.  
  69. -Consensus pattern:
  70.  
  71.  1 2  3    4         5        6         7    8       9          10    12
  72.  X    Y              Z                  -Y           -X               -Z
  73.  D-x-[DNS]-{ILVFYW}-[DENSTG]-[DNQGHRK]-{GP}-[LIVMC]-[DENQSTAGC]-x(2)-[DE]-
  74.  
  75.  13
  76.  [LIVMFYW]
  77.  
  78. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  79.  for chicken actinin and human S-100P.
  80. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 52 proteins  which are probably not
  81.  calcium-binding and  a  few proteins for which we have reason to believe that
  82.  they bind  calcium:  a  number  of endoglucanases  and  a  xylanase  from the
  83.  cellulosome complex of Clostridium [8] and two different isozymes of inositol
  84.  phospholipid-specific phospholipase C [9].
  85.  
  86. -Note: positions 1 (X), 3 (Y) and 12 (-Z) are the most conserved.
  87. -Note: the 6th residue in an EF-hand loop is, in most  cases a  Gly,  but  the
  88.  number of exceptions to this 'rule' has gradually increased and we felt  that
  89.  the pattern should include all the  different  residues which have been shown
  90.  to exist in this position in functional Ca-binding sites.
  91. -Note: the pattern will, in some cases,  miss  one  of  the EF-hand regions in
  92.  some proteins with multiple EF-hand domains.
  93.  
  94. -Expert(s) to contact by email: Cox J.A.
  95.                                 cox@sc2a.unige.ch
  96.                                 Kretsinger R.H.
  97.                                 rhk5i@virginia.bitnet
  98.  
  99. -Last update: June 1994 / Text revised.
  100.  
  101. [ 1] Kretsinger R.H.
  102.      Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 52:499-510(1987).
  103. [ 2] Moncrief N.D., Kretsinger R.H., Goodman M.
  104.      J. Mol. Evol. 30:522-562(1990).
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  120.